home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Celestin Apprentice 5 / Apprentice-Release5.iso / Source Code / Libraries / DCLAP 6d / dclap6d / SeqPups / tables / rat.cod < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1996-07-05  |  3.2 KB  |  95 lines  |  [TEXT/R*ch]
  1.  
  2. Rattus sp. (Rat)
  3.  
  4. 833 genes found in GenBank 63.
  5.  
  6.  Produced by J. Michael Cherry (cherry@frodo.mgh.harvard.edu) with the
  7.  GCG program CodonFrequency.
  8.  
  9.  Duplicates, pseudogenes, mutant and synthetic genes were not included.
  10.  Coding regions were specified using the Feature Table of each entry, then
  11.  checked for accuracy. If more than one stop codon was found the sequence
  12.  was not included.
  13.  
  14. AmAcid  Codon     Number    /1000     Fraction   ..
  15.  
  16. Gly     GGG     3646.00     15.37      0.23
  17. Gly     GGA     4015.00     16.93      0.25
  18. Gly     GGT     2846.00     12.00      0.18
  19. Gly     GGC     5501.00     23.19      0.34
  20.  
  21. Glu     GAG     9776.00     41.22      0.60
  22. Glu     GAA     6397.00     26.97      0.40
  23. Asp     GAT     5021.00     21.17      0.42
  24. Asp     GAC     6953.00     29.31      0.58
  25.  
  26. Val     GTG     7246.00     30.55      0.48
  27. Val     GTA     1554.00      6.55      0.10
  28. Val     GTT     2391.00     10.08      0.16
  29. Val     GTC     3872.00     16.32      0.26
  30.  
  31. Ala     GCG     1441.00      6.08      0.09
  32. Ala     GCA     3556.00     14.99      0.21
  33. Ala     GCT     5284.00     22.28      0.31
  34. Ala     GCC     6579.00     27.74      0.39
  35.  
  36. Arg     AGG     2695.00     11.36      0.22
  37. Arg     AGA     2702.00     11.39      0.22
  38. Ser     AGT     2356.00      9.93      0.13
  39. Ser     AGC     4206.00     17.73      0.24
  40.  
  41. Lys     AAG     9423.00     39.73      0.65
  42. Lys     AAA     5120.00     21.59      0.35
  43. Asn     AAT     3520.00     14.84      0.39
  44. Asn     AAC     5416.00     22.83      0.61
  45.  
  46. Met     atg     5928.00     24.99      1.00
  47. Ile     ATA     1367.00      5.76      0.12
  48. Ile     ATT     3735.00     15.75      0.33
  49. Ile     ATC     6304.00     26.58      0.55
  50.  
  51. Thr     ACG     1400.00      5.90      0.10
  52. Thr     ACA     3634.00     15.32      0.27
  53. Thr     ACT     3216.00     13.56      0.24
  54. Thr     ACC     5088.00     21.45      0.38
  55.  
  56. Trp     TGG     3319.00     13.99      1.00
  57. End     TGA      610.00      2.57      0.58
  58. Cys     TGT     2297.00      9.68      0.44
  59. Cys     TGC     2941.00     12.40      0.56
  60.  
  61. End     TAG      188.00      0.79      0.18
  62. End     TAA      257.00      1.08      0.24
  63. Tyr     TAT     2753.00     11.61      0.40
  64. Tyr     TAC     4146.00     17.48      0.60
  65.  
  66. Leu     TTG     2828.00     11.92      0.13
  67. Leu     TTA     1110.00      4.68      0.05
  68. Phe     TTT     3783.00     15.95      0.39
  69. Phe     TTC     5822.00     24.55      0.61
  70.  
  71. Ser     TCG     1063.00      4.48      0.06
  72. Ser     TCA     2479.00     10.45      0.14
  73. Ser     TCT     3424.00     14.44      0.19
  74. Ser     TCC     4146.00     17.48      0.23
  75.  
  76. Arg     CGG     2121.00      8.94      0.17
  77. Arg     CGA     1457.00      6.14      0.12
  78. Arg     CGT     1225.00      5.16      0.10
  79. Arg     CGC     2301.00      9.70      0.18
  80.  
  81. Gln     CAG     7456.00     31.44      0.75
  82. Gln     CAA     2484.00     10.47      0.25
  83. His     CAT     2074.00      8.74      0.38
  84. His     CAC     3430.00     14.46      0.62
  85.  
  86. Leu     CTG     9240.00     38.96      0.42
  87. Leu     CTA     1527.00      6.44      0.07
  88. Leu     CTT     2749.00     11.59      0.12
  89. Leu     CTC     4583.00     19.32      0.21
  90.  
  91. Pro     CCG     1380.00      5.82      0.10
  92. Pro     CCA     3787.00     15.97      0.29
  93. Pro     CCT     3853.00     16.24      0.29
  94. Pro     CCC     4166.00     17.56      0.32
  95.